Zusammenfassung
scannen
Es gibt Beweise für einen genetischen Beitrag zu einer chronischen Parodontitis ist. In dieser Studie haben wir eine genomweite Assoziationsstudie unter 866 Teilnehmern der University of Pittsburgh Dental Registry und Repository-DNA, deren parodontale Diagnose von gesunden reichte (N = 767) bis schwerer chronischer Parodontitis (N = 99).
Methoden
Genotyping
i von mehr als einer halben Million SNPs bestimmt. Die Analysen wurden zweimal, zuerst in der kompletten Datensatz aus allen ethnischen Gruppen durchgeführt, und das zweite, das nur als selbst berichteten Whites definiert Proben. Von den Top-100-Ergebnisse, zwanzig single nucleotide polymorphisms hatte konsistente Ergebnisse in beiden Analysen (Borderline-p-Werte im Bereich von 1E-05 bis 1E-6) und wurden ausgewählt, in zwei unabhängige Datensätze aus 1460 Personen aus Porto Alegre abgeleitet getestet werden, und 359 von Rio de Janeiro, Brasilien. Meta-Analysen der Einzelnukleotid-Polymorphismen einen Trend für die Zuordnung in der unabhängigen Datensatzes zeigt, wurden durchgeführt.
Ergebnisse | The rs1477403 Marker auf 16q22.3 gelegen zeigte suggestiv Verein in der Ermittlungsphase und in Porto Alegre-Datensatz (S. = 0,05). Die Meta-Analyse vorgeschlagen, das weniger verbreitete Allel das Risiko für chronische Parodontitis verringert.
Schlussfolgerungen
Unsere Daten eine klare Hypothese bieten unabhängig in Bezug auf den Beitrag des 16q22.3 Locus zu chronischer Parodontitis getestet werden.
Keywords
Parodontitis Chronische Parodontitis Aggressive Parodontitis Genetik Medizinische Genetik genetischen Polymorphismus elektronische ergänzendes Material
die Online-Version dieses Artikels (doi:. 10 1186 /1472-6831-14-84) enthält zusätzliches Material, das zur Verfügung steht autorisierte Benutzer.
Hintergrund
Obwohl Familie Studien deuten darauf hin, dass Umweltfaktoren die wichtigsten Determinanten der Varianz in der chronischen Parodontitis sind [1-5], Vergleiche zwischen den aufgezogenen-together und -abgesehen erwachsenen monozygous Zwillinge zeigen, dass eine frühe familiäre Umfeld hat keine nennenswerten Einfluss auf Parodontalstatus der Erwachsenen [6]. Mehrere Assoziationsstudien zu chronischer Parodontitis genetische Faktoren Ziel wurden in den letzten zehn Jahren veröffentlicht zu identifizieren beitragen [7]; jedoch sind die Ergebnisse nicht unbedingt gleich auf die Bevölkerung je studierten [8].
Erst kürzlich eine genomweite Assoziationsstudie [9, 10], einschließlich 1.020 und 4.504 Teilnehmer selbst definiert als Whites aus der Atherosclerosis Risk ausgewählt in Gemeinschaften (ARIC) Längs Kohorte vorgeschlagen, ein paar neue Loci möglich Mitwirkenden zu einer chronischen Parodontitis zu sein, obwohl keiner von ihnen formale statistische Signifikanz erreicht. Darüber hinaus untersucht die zwei Listen der zugeordneten Single Nucleotide Polymorphismen aus der ARIC-Proben [9, 10] überlappen, nicht offensichtlich war. Divaris et al. [9] enthalten auch auf bakterielle Besiedlung von acht Spezies anhand Analysen und die Ergebnisse lassen vermuten, zusätzliche Loci, die durch bestimmte Bakteriengruppen besiedelt zu werden.
In dieser Studie zu individuellen Anfälligkeit beitragen können, wir in Betracht nahm die Anwesenheit von ethnischen Beimischung zu untersuchen den Zusammenhang zwischen der genetischen Variation und chronischer Parodontitis. Eine genomweite Assoziations Scan für chronische Parodontitis wurde durchgeführt, Analysen einschließlich angepasst durch inkrementelles Gewohnheiten und Diabetes-Status und inszeniert das Rauchen von Proben aus verschiedenen ethnischen Gruppen hinzufügen, die Rolle der Gene bei dieser Krankheit zu adressieren. Unsere Ergebnisse bieten eine klare Hypothese unabhängig an den 16q22.3 und 21q22.11 Loci zu einer chronischen Parodontitis in Bezug auf den Beitrag zu prüfen.
Methoden
Discovery-Probe
Alle Patienten Teilnehmer in der Dental-Registry und Repository-DNA waren (DRDR) von der University of Pittsburgh School of Dental Medicine. Ab September 2006 alle Personen, die eine Behandlung an der University of Pittsburgh School of Dental Medicine suchen wurden Teil der Registrierung zu sein eingeladen. Sie geben informierte Zustimmung die Extraktion von Informationen aus ihrer zahnärztlichen Aufzeichnungen zur Ermächtigung geschrieben. Außerdem bieten sie eine Speichelprobe, aus der DNA extrahiert werden kann. Nichtstimulierte Speichelproben von allen Teilnehmern erhalten (Personen gebeten wurden, zu spucken) und gespeichert ii bei Raumtemperatur bis verarbeitet werden. Keine Zentrifugation wurde in den Speichelproben durchgeführt. DNA wurde nach den Anweisungen des Herstellers extrahiert. Die University of Pittsburgh Institutional Review Board genehmigt dieses Projekt und alle Menschen unterzeichneten eine schriftliche Einverständniserklärung Dokument vor der Teilnahme. In
Januar 2010 Daten von 886 Personen wurden aus der Registrierung für dieses Projekt extrahiert. Zwanzig Personen jünger als 17 Jahre alt, wurden ausgeschlossen. Das Durchschnittsalter der Teilnehmer betrug 41,2 Jahre im Alter von 25 bis 89 Jahre reichen. Hundert und achtundzwanzig waren Raucher und 44 hatten Diabetes. Die Teilnehmer mit 30% oder mehr Zähne mit den Standorten der klinischen Attachmentverlust von fünf Millimeter oder mehr wurden als mit chronischer Parodontitis [11, 12] definiert. Die Teilnehmer, die Befestigung Verlust von fünf Millimeter in weniger als 30% der Standorte hatten, wurden nicht in die Studie einbezogen. Keine Fälle, die als aggressive Parodontitis diagnostiziert wurden, wurden in die Studie eingeschlossen. Neunundneunzig Patienten mit chronischer Periodontitis (42 Frauen und 57 Männer im Alter von 30 bis 83 Jahre) diagnostiziert. Auf der Grundlage ihrer selbst berichteten ethnischen Zugehörigkeit 63 waren weiß, 32 schwarz, und vier gehörten anderen ethnischen Gruppen und diese Patienten die betroffene Gruppe umfasste. Nicht betroffenen Personen waren 767 (382 Frauen und 385 Männer im Alter von 25 bis 84 Jahren reicht). Auf der Grundlage ihrer eigenen Angaben Ethnizität 543 declare Weiß zu sein, 158 Schwarz und 66 im Zusammenhang mit anderen Gruppen (Tabelle 1). Weitere Details werden als zusätzliche Datei 1 (: "Phänotypen Definition" Anlage 1) dargestellt. Die Dental-Registry und DNA-Repository ist ein Krankenhaus-Projekt und es wird erwartet, dass klinische Daten werden von einer Reihe von verschiedenen Fachleuten aufgezeichnet werden. Alle Forschungs Aufzeichnungen wurden überprüft die Möglichkeit auszuschließen, dass die Fälle aggressive periodontitis.Table 1 Zusammenfassung der Studienpopulationen
Variable
Pittsburgh
Porto Alegre
Rio de Janeiro
N
866
1460
359
Periodontitis Status
Betroffene
99 (11,4%)
430 (29,4%)
183 (51%)
Nicht betroffene
767 (88,6%)
1.030 (70,6%)
176 (49%)
Das mittlere Alter (Jahre )
41
40
56
Sex
Frauen
439 ( 50,7%)
784 (53,7%)
257 (71,6%)
Männer
427 (49,3%)
676 (46,3%)
105 (28,4%)
ethnischen Hintergrund
Weiß
606 (70%)
1188 (81,4%)
288 (80,2%)
Schwarz
190 (21,9%)
272 (18,6%)
71 (19,8%)
Andere
70 (8,1%)
0
0
ethnischen Hintergrund
Weiß
63
348
147
bei Personen mit
Schwarz
32
82
36
mit Periodontitis
Andere
4
0
0
Raucher
128 (14,8%)
430 (29,4%)
39 (10,9%)
Selbst berichtet Diabetes
44 (5,1%)
40 (2,7%)
31 (8,6%)
DNA-Proben für 620.901 Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) iii genotypisiert. Einzelheiten zu unseren Leistungsberechnungen werden dargestellt als zusätzliche Datei 1 (Anhang 2: "Power Berechnungen des Discovery-Sample" und zusätzliche Datei 1). Die jeweilige gewählte SNP Array enthält SNPs, die sowohl für Personen afrikanischer und europäischer Abstammung repräsentativ sind [13], die wir einen wichtigen Aspekt des Designs betrachtet, da die Studie Gruppe von Individuen enthalten war, die selbst berichteten sind Weiße oder Schwarze.
Assoziation zwischen Parodontitis Zuneigung Status und jeder Einzel-Nukleotid-Polymorphismus über das gesamte Genom getestet wurde mit PLINK [14] und alle Analysen wurden nach Alter, Geschlecht, Diabetes-Status (ja oder nein), und Raucherstatus (Raucher oder Nichtraucher ), Variablen, die mit unterschiedlichen Parodontalerkrankungen Ebenen [15-19] verbunden sind. Die Daten über Ex-Raucher war nicht konsistent in allen Registrierungsdatensatzes und diese Variable wurde in der Analyse nicht verwendet. Bei der Analyse des kompletten Datensatzes, wir auch für die Hauptkomponenten aus einer Bewertung der Bevölkerungsstruktur angepasst, wie in der Zusatzdatei 1 (Anlage 3 beschrieben: "Genomweite Analyse", Anhang 4: "Anpassung für Abstammung im Genom Weite Analyse "Weitere Datei 1). Wir wiederholten dann diese Analysen mit Proben von White Individuen nur (Weitere Datei 1). Um mehrere Testkonto, ein p-Wert von weniger als 1E-07 (0,05 /473.514) wurde als statistisch signifikant angesehen.
Follow-up-Proben
Von den 100 Ergebnisse mit den niedrigsten p-Werte, wählten wir die konsequenteste Ergebnisse (die Erkenntnisse, die einen Trend der Vereinigung zu zeigen fortgesetzt) beider Analysen (dh
des kompletten Datensatz analysiert und mit Proben von White Individuen nur,. Weitere Datei 1), die von zwanzig Einzelnukleotid-Polymorphismen enthalten (Tabelle 2). Diese wurden dann in zwei unabhängige populationsbasierten Kohorten aus Brasilien getestet. (: "Details der Follow-up-Samples" Anlage 5) Details dieser Proben sind in Tabelle 1 und als Zusatzdatei 1 zur Verfügung gestellt. Definition von Parodontalerkrankungen verwendet wurde, war das gleiche wie bei der Entdeckung SAMPLE.TABLE 2 Zusammenfassung der Ergebnisse der genomweiten Assoziations Scans und unabhängige Analyse für chronische Parodontitis
Marker
Minor Allelfrequenz beschrieben
Locus
Lage /Gen
Genomweite weite~~POS=HEADCOMP Scan p-Wert aller Proben (99 betroffen, 767 davon unberührt)
Genomweite weite~~POS=HEADCOMP Scan p-Wert Weißen nur (63 betroffen , 543 davon unberührt)
Unabhängige Porto Alegre Kohorte p-Wert (430 betroffen, 1.030 davon unberührt)
Unabhängige Rio de Janeiro Kohorte p-Wert (183 betroffen, 176 davon unberührt)
rs10858049
0,19
1p13.2
DENND2C
9.54E-05
0.01
0.78
0.3
rs4572866
0.19
4p15.2
Intergenic
5.80E-05
0.0006
0.49
0.42
rs6905786
0.45
6q16.2
Intergenic
1.41E-05
0.0003
0.65
0.72
rs7740539
0.26
6q21
Intergenic
1.39E-05
2.85E-05
0.16
0.65
rs10266202
0.41
7p21.3
Intergenic
3.89E-05
0.0003
0.68
0.4
rs4735081
0.4
8q23.1
Intergenic
1.80E-05
4.71E-05
0.48
0.86
rs6597536
0.15
9q34.13
MED27
3.62E-05
0.0002
0.91
0.9
rs1954179
0.34
10q25.2
RBM20
7.42E-05
0.0008
0.85
0.82
rs10501568
0.1
11p14.1
Dlg2
8.81E-06
9.38E-05
0.58
0.66
rs1026477
0.47
11p14.1
MPPED2
5.48E-05
2.79E-06
0.68
0.98
rs982322
0.31
12q14.1
SLC16A7
3.99E-05
0.0008
0.48
0.74
rs1913208
0.42
13q33.1
Intergenic
6.46E-05
0.0004
0.17
0.6
rs1477403
0.46
16q22.3
Intergenic
6.18E-05
0.0001
0.05
0.66
rs1558878
0.45
17q24.2
ARSG
8.53E-05
0.0004
0.63
0.29
rs8066940
0.42
17q25.3
Intergenic
2.79E-05
0.0004
0.37
0.3
rs7254232
0.38
19q13.32
Intergenic
2.57E-06
0.0005
0.14
0.2
rs2833017
0.45
21q22.11
Intergenic
5.20E-05
0.0004
0.32
0.001
rs9305434
0.33
21q22.11
Intergenic
7.91E-05
0.0008
0.41
0.008
rs2048126
0.46
21q22.11
Intergenic
8.43E-05
0.0008
0.43
0.001
rs466092
0.25
21q22.3
MX2
1.28E-05
1.10E-05
0,14
0,76
Hinweis: P -Werten auf die Unterschiede in der Verteilung von Einzelnukleotid-Polymorphismen zwischen betroffenen und nicht betroffenen Individuen in Zusammenhang stehen.
Für die 20 Einzelnukleotid-Polymorphismen auf diesen unabhängigen Test ausgewählt wurde Genotypisierung durchgeführt TaqMan Chemie mit [20] und Endpunktanalyse. iv Alle genetischen Markern in Hardy-Weinberg-Gleichgewicht waren (Daten nicht gezeigt). Um den Zusammenhang zwischen der Krankheit und jedes Allel oder Genotyp Frequenz bestimmen, haben wir logistische Regression für Alter, Geschlecht, ethnischer Zugehörigkeit, Diabetes-Status und Raucherstatus mit PLINK [14]. Die Daten über Ex-Raucher war in dieser Datensätze nicht zur Verfügung. Die Probe aus Porto Alegre wurde auch noch durch die Body-Mass-Index angepasst, da diese Daten zur Verfügung standen und diese Variable mit parodontalen Erkrankungen in Verbindung gebracht worden. P-Werte gleich oder kleiner als 0,0025 (0,05 /20) wurden als statistisch signifikant für die Follow-up-Ergebnisse der Studie.
Meta-Analyse
Um eine Auswertungsstatistik für die Zuordnung zu den vier SNPs abzuleiten, die einen Trend zeigte für die Zuordnung in eine der Follow-up untersucht Proben aus Brasilien, ein Random-Effects wurde Meta-Analyse-Modell von der genomweiten Assoziationsanalyse bestimmt zu schätzen die Odds Ratio für die Anwesenheit des assoziierten Allels verwendet. Bevor die Daten Pooling schätzten wir Q-Statistik des Cochran, die den Grad der Heterogenität anzeigt. Es gab keinen signifikanten Beweis für Heterogenität insgesamt (Q = 2,7, p = 0,264). Ein Modell mit zufälligen Effekten wurde verwendet, weil es Varianzkomponenten umfasst sowohl innerhalb als auch zwischen den Studien. Darüber hinaus, weil sie im allgemeinen ein breiteres Konfidenzintervalls als ein fester Wirkungen Modell, die Zufallseffekte Modus ergibt ist konservativer [21]. Die kompletten Datensatz aus Pittsburgh verwendet wurde. MedCalc Version 13 verwendet wurde (MedCalc Software, Ostende, Belgien).
Ergebnisse | Genomweite Studie Verbände
Qualität Filter auf Einzelnukleotid-Polymorphismen wurden vor der Analyse angewendet einschließlich Ausschluss von monomorphic und hohe fehlende Rate (single nucleotide polymorphisms & gt; 10%). Von den insgesamt 620.901 Einzel-Nukleotid-Polymorphismen in dem Chip, 477.410 Marker Qualitätskontrolle durchlaufen. Es gab eine zusätzliche 3896-Marker, die nicht im Hardy-Weinberg-Gleichgewicht (p ≤ 0,0001) oder kleinere Allelfrequenzen waren nicht informativ (Frequenz ≤ 0,05) und wurden ebenfalls ausgeschlossen waren. Insgesamt 473.514 Einzel-Nukleotid-Polymorphismus Marker wurden für die Analyse verwendet. Obwohl keine Einzel-Nukleotid-Polymorphismen konservativen Kriterien für die genomweite Bedeutung, mehrere suggestive loci erfüllt, vertreten durch einen oder mehrere assoziierte Marker mit p-Werten zwischen 1E-5 und 1E-6 wurden in der Entdeckung Probe (Abbildung 1) beobachtet. Abbildung 1 Manhattan Plot einer Zusammenfassung der Ergebnisse der genomweiten Scan-Studie. Keine p-Werte erreicht den Schwellenwert der Signifikanz von 1E-07. Interkalierende blauen Farben zeigen verschiedene Chromosomen. Das Y-Chromosom wurde nicht analysiert, daher keine Markierungen (blaue Farbe) erscheinen. Rote Punkte zeigen die wichtigsten Ergebnisse.
Studien Folgen
Wir haben 20 Einzelnukleotid-Polymorphismen ausgewählt, die konsistente Ergebnisse in beiden Analysen der Gesamtprobe und selbst berichteten Whites hatte nur in zwei unabhängige Kohorten zu testen (Tabelle 2) . Die Einbeziehung des Geschlechts, der ethnischen Zugehörigkeit, Diabetes Status, Rauchgewohnheiten und Body-Mass-Index zusammen mit dem Alter in dem Modell die Ergebnisse und Daten nicht wesentlich hier sind auf dem einfachsten Modell nur durch das Alter angepasst präsentiert ändern basiert. Die rs1477403 Marker auf 16q22.3 gelegen war der einzige, der einen Trend für Vereinigung in der Kohorte von Porto Alegre, Brasilien [Odds Ratio = 1,2 (95% Konfidenzintervall 1,0-1,47) zeigte; p = 0,05 für die Allel-Verteilung, Tabelle 2]. Drei Markierungen in 21q22.11 zeigten einen Trend für die Assoziation (nominal p-Werte von weniger als 0,05) mit chronischer Parodontitis in der Kohorte von Rio de Janeiro (Tabelle 2). Diese Marker sind in starken Kopplungsungleichgewicht miteinander (D '= 1,0).
Meta-Analyse
2 Figuren, 3, 4 und 5 zeigen die Odds Ratios für die Vereinigung von rs1477403 in 16q22.3 und die drei SNPs in 21q22.11 in den Proben aus Pittsburgh, und die beiden brasilianischen Kohorten. Nur rs1477403 eine Vereinigung zeigen, die in Richtung der drei untersuchten Populationen konsistent ist. Je weniger gemeinsame Allel unterrepräsentiert bei Personen mit chronischer Parodontitis betroffen sind, eine schützende Wirkung hindeutet. Die inkonsistente Ergebnisse in den Studien für die anderen drei 21q22.11 Markierungen deuten auf eine echte Verbindung zwischen chronischer Parodontitis und dem Ort wahrscheinlich nicht existiert. Abbildung 2 Zusammenfassung der Meta-Analyse-Ergebnisse für rs1477403 (16q22.3).
Abbildung 3 Zusammenfassung der Meta-Analyse-Ergebnisse für rs9305434 (21q22.11).
4 Zusammenfassung der Meta-Analyse-Ergebnisse für rs2833017 (21q22.11).
Abbildung 5 Zusammenfassung der Meta-Analyse-Ergebnisse für rs2048126 (21q22.11).
Diskussion
In dieser Studie wurden 2.685 DNA-Proben wurden analysiert, kommt aus zwei Kohortenstudien und eine Fall-Kontroll-Datensatz. Diese unterschiedlichen Studiendesigns erklären die Variation von Parodontalerkrankungen Frequenz in jedem der Studiengruppen im Bereich von 11% bis 50%.
Der erste Schritt unserer Studie eine genomweite Analyse einbezogen. Chronische Parodontitis hat eine Prävalenz von über 47% in den Vereinigten Staaten auf Basis von NHANES-Daten [22], und im allgemeinen niedriger Probengrößen sind notwendig, um eine häufige Erkrankung als eine seltene Krankheit zu untersuchen [23]. Doch mit der relativ geringen Zahl der betroffenen Personen und erwartete statistische Aussagekraft, führten wir zwei Strategien statistische Aussagekraft zu verbessern. Wir enthalten mindestens vier Kontrollen für jeden Fall, die der Goldstandard für die Zahl der Fälle in Betracht gezogen wird, und steuert in einer Fall-Kontroll-Studie Genetik [23] gesammelt werden. Die andere näherte Fällen verwenden, um mit mindestens 30% Seiten des Mundes durch chronische Parodontitis betroffen, daher der Einschluss von weniger schweren Fällen zu vermeiden. Dieser Ansatz wird gedacht, um die Varianz der Prädiktorvariablen (jede genetische Variante oder X) zu maximieren, die zu b nach x ± t nm-1; α√MSE /nV x (1-R < sup> 2) wobei MSE der mittlere quadratische Fehler, n ist die Probengröße, V x ist die Varianz von x ist, und (1-R 2) ist der Anteil der Varianz x nicht durch eine gemeinsam genutzte andere Variablen im Modell, wird Kraft und Präzision [24] erhöhen. Während kein Einzel-Nukleotid-Polymorphismus Assoziation an genomweite Bedeutung zeigten, zeigten mehrere genomische Regionen suggestiv Beweise für die Assoziation. Allerdings sind nur vier genetischen Markern in zwei Loci zeigte auch einen Trend für die Assoziation in unabhängigen Experimenten mit verschiedenen Bevölkerungs Datensätze, und nur eine Markierung Verband zeigte, wenn die Proben gezogen wurden. Diese Ergebnisse sind interessant, weil ein Experiment in einem Krankenhaus-Kohorte getan wurde, die klinischen Daten von verschiedenen Fachleuten erhalten wird und eine größere Heterogenität und die folgenden Experimente wurden in populationsbasierten Kohorten und Daten durchgeführt wurden mit experimentellen rigor gesammelt Homogenität zu erhöhen. rs1477403 an 16q22.3 und in einer Folge von einer nicht charakterisierten nicht-codierende RNA (LOC100506172) angeordnet ist. Die Nucleotid-Änderung wird in der Maus, Schimpanse, Orang-Utan oder Makaken nach den verfügbaren Daten UCSC Genome Browser nicht konserviert und ist unwahrscheinlich, dass eine direkte funktionelle Rolle zu haben, aber diese Möglichkeit nicht ausgeschlossen werden kann.
Unser Ansatz Marker auszuwählen Follow-up enthalten die Top-100-Ergebnisse der beiden genomweiten Scan-Analysen verglichen werden. Wir haben Markierungen könnten auf der Grundlage unserer ursprünglichen Leistungsberechnungen priorisiert. Allerdings ist eine faire Annahme für Parodontalerkrankungen, dass einzelne Gen Beiträge sind klein und wenn wir Odds Ratio cut-offs weniger als 1,5 verwendet wird, hätten wir wahrscheinlich mehrere hundert, wenn nicht tausend möglich Marker zu folgen. Zweistufige Designs für Rang SNPs Manipulation basierend auf p-Werte wurden gezeigt, um die Rankings zu verbessern und überschätzten Bedeutung Werte zu verringern [25-28] Wir nehmen auch eine met-Analyse durchgeführt, um die Ergebnisse der Analysen der vier interpretieren SNPs in den drei Bevölkerungsgruppen. Wenn eine Population eine große p-Wert für einen bestimmten SNP erzeugt, wenn zwei andere Populationen für die SNP kleine produziert, so scheint es, gibt es mehrere mögliche Gründe. Man würde sein, dass der SNP wirklich mit dem Merkmal in den Populationen verleiht das Signal assoziiert ist, aber der SNP wird nicht mit dem Merkmal in der dritten Population zugeordnet sind. Eine andere Möglichkeit ist, dass die SNP mit dem Merkmal in allen Populationen zugeordnet ist, aber die Probe von Individuen aus einer der Populationen zufällig gesammelt passiert niedrige Leistung bereitzustellen. Eine dritte Möglichkeit ist selbstverständlich, dass der SNP wird nicht mit dem Merkmal verbunden sind, und die beiden Populationen, die ein Signal waren beide Fehlalarmen zeigte. Wenn es in Wahrheit Verein in der dritten Population, aber die Probe passiert ist geringer Leistung anzuzeigen, und dann, während die Richtung von jedem Effekt in der Probe gesehen wäre zu erwarten, die gleiche sein, wie es scheint auch nicht unwahrscheinlich, dass es durch Zufall könnte in der Tat entgegengesetzt sein (niedrige p-Werte bedeuten Effektgrößen in der Nähe von Null in einer gegebenen Probe, und als solche könnte die "Wirkung" in jeder Richtung sein). Wir nehmen an, dass das Signal für den 16q22.3 SNP real ist, trotz der individuellen Analyse einer der brasilianischen Bevölkerung nicht Assoziation (Abbildung 2) zeigen. Auf der anderen Seite, da die Signale für die SNPs in 21q22.11 nicht konsistent sind (Abbildungen 2 bis 4), theoretisieren wir die Beweise für die Beteiligung an dieser Stelle ist ein falsch positives Ergebnis. Diese Analysen sind Beispiele für die Herausforderung der Ergebnisse für diese Art von Studien zu interpretieren.
Die erste genomweite Assoziationsstudie in Parodontitis die aggressive Art der Erkrankung untersucht [8]. Diese Studie identifiziert eine Assoziation mit einem Marker in dem Ort von GLT6D1
und funktionelle Experimente vorgeschlagen, dass reduzierte GATA3 auf die GLT6D1
Locus könnte eine Komponente der Pathophysiologie der Parodontitis sein [8] Bindungsaffinität. Dieser Ort ist nicht, was wir vorschlagen, mit chronischer Parodontitis assoziiert. Der Mangel an Überschneidungen zwischen unseren Ergebnissen und von den anderen [9, 10] in genomweiten Scanning für chronische Parodontitis und die Studie von Schäfer et al. [8] ist wahrscheinlich aufgrund der Tatsache, dass diese beiden Zustände unterschiedliche genetische Einflüsse haben. Wir haben bereits gezeigt, dass aggressive Parodontitis Aggregate in den Familien und ihren sparsamste Art der Vererbung ist ein semi-allgemeines Übertragungsmodell, das die heterozygote Übertragung [29] zu variieren können. Das ist sehr verschieden von dem, was wir bei der chronischen Parodontitis zu sehen, in denen keine klare familiäre Häufung nachgewiesen werden kann. Unsere Studie profitiert von mehreren Stärken einschließlich genomweite Single Nucleotide Polymorphism Daten und strenge und gründliche Bewertung der Phänotypen
. Genotypisierung und Qualitätskontrolle /Qualitätssicherung ergab Daten von außergewöhnlicher Qualität. Außerdem ist, wie einer der ersten genomweiten Assoziationsstudien für chronische Parodontitis bisher berichtet, erreicht diese Studie das Hauptziel (der nicht-Hypothese basierte genomweite Assoziationsstudie Design), der zuvor in den Genen und genomischen Regionen zu erzeugen Interesse unstudied in der Zusammenhang von Mundgesundheit. Doch diese Studie auch die Herausforderungen zu identifizieren Gene unterstreicht gemeinsam komplexe Erkrankung beteiligt sind, nämlich, dass zahlreiche Gene, vor allem von kleinen Effektgrößen, sind wahrscheinlich zu Parodontitis beitragen, und dass Entdeckung von einzelnen Varianten kann extrem schwierig sein. Unsere Studie Bevölkerung hatte eine Mischung aus Individuen beider Weiß und Schwarz Erbe und dies weiter erschwert jede Analyse, da Allelfrequenz kann zwischen verschiedenen Populationen unterschiedlicher sein. Auch wenn wir sorgfältig in Betracht, diesen Faktor haben, können wir die Möglichkeit nicht ausschließen, dass die suggestive Assoziationen fanden wir durch Variation der ethnischen Herkunft der Proben beeinflusst werden. Während die Forschung in der Genetik der Parodontitis hinter vielen anderen prominenten Volkskrankheiten hinkt, bietet diese Studie eine Startrampe für zukünftige Kandidaten-Gen und funktionelle Studien von Parodontalerkrankungen. Die öffentliche Verfügbarkeit dieser Daten über Online-Portale werden den Nutzen dieser Studie bei der Gestaltung zukünftiger Anstrengungen und Cross-Studie Kooperationen erleichtern die Genetik von Parodontalerkrankungen zu verstehen.
Schlussfolgerungen
Unsere Daten eine klare Hypothese bieten unabhängig getestet werden in Bezug auf den Beitrag des 16q22.3 Locus zu chronischer Parodontitis.
Endnoten
iPerformed in einem Illumina 610-Quad-Plattform.
iiStored in Oragene DNA Selbst-Collection-Kits (DNA Genotek Inc ., Ottawa, oN, Kanada).
die Illumina Human610-Quadv1_B BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) iiiUsing.
ivPerformed auf einem HT-Sequence Detection Applied Biosystems 7900 System-Maschine (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA, USA).
Erklärungen
Danksagung
die Autoren danken allen Patienten, die mit Begeisterung Teil dieses Projekts zu sein vereinbart. Die Daten für diese Studie wurde von der Dental-Registry und Repository DNA der School of Dental Medicine, University of Pittsburgh zur Verfügung gestellt. Die finanzielle Unterstützung für diese Arbeit wurde von NIH Zuschusses 5TL1RR024155 zur Verfügung gestellt.
Zusammenfassung der wichtigsten Ergebnisse
Ein Marker in 16q22.3 mit chronischer Parodontitis in mehreren verschiedenen Bevölkerungsgruppen zugeordnet ist und von Bedeutung sein kann, um das Risiko für die Krankheit zu bestimmen. | Elektronische Zusatzmaterial
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Die Autoren keine Interessenkonflikte haben zu erklären.
Beiträge der Autoren
PF, PLC, KD, HK J-HK DNA-Manipulation durchgeführt und alle Laborexperimente. PF, XW, PLC, ECK und ARV analysiert und die Daten interpretiert. PLC, JN, ANH, VQ, LLB, CS, JMG und ARV durchgeführt, um Rekrutierungs, Phänotyp Definitionen im Zusammenhang mit Aktivitäten und biologischen Probensammlung. PLC, JMG, CS und ARV entworfen, um die ursprünglichen Kohortenstudien. Alle Autoren kritisch das Manuskript überarbeitet. Alle Autoren gelesen und genehmigt haben das endgültige Manuskript.
